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2022-02-21 13:01:32
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群落构建分析是微生物生态学分析的重要组成部分，成为目前文章发表的热点技术。之前我们介绍了计算beta-NTI（beta nearest taxon index）来进行群落构建分析。|beta-NTI| >2说明决定性过程主导，其中beta-NTI >2说明OTU的遗传距离发散，为生物交互作用主导，beta-NTI < -2则说明OUT的遗传距离收敛为环境选择主导。|beta-NTI| <2则说明随机过程主导，但随机过程包含遗传漂变、扩散限制和均质扩散，那么如何对随机过程进一步划分呢？
2022-02-13 19:04:37
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丰富的资源会促进细菌的生长，特别是富营养型细菌的生长。快速的生长需要大量的核糖体，富营养性细菌会持有更多的核糖体RNA操纵子（number of ribosomal RNA operons, rrn）。我们可以根据核糖体RNA操纵子的数目来对寡营养型和富营养型细菌进行区分，而且核糖体RNA操纵子的数目在16srRNA序列上保守，因此我们可以通过分类信息对核糖体RNA操纵子数进行预测,进而对其生活史策略进行推断。
2022-02-13 19:04:36
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随机森林微生物
在微生物群落中运行随机森林的演示和代码
2022-01-23 21:46:15
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