GATK HaplotypeCaller SNP Calling 自动化流程

GATK SNAP Calling

使用GATK进行 SNP Callling的自动化流程。基于GATK3.3以上版本的HaplotypeCaller标准流程进行，测试脚本以sra文件为最初输入，将读取文件见内的所有sra文件（视为同一个样本的数据），进行SNP Calling产生GVCF，然后用户可自行进行jointCall

文件下载

评论信息

wilkingBT :

已有全基因组重测序的clean data，能否直接用该流程进行群call？
2020-12-31
YuNing :

已有全基因组重测序的clean data，能否直接用该流程进行群call？
2020-12-31
hzaubbc :

能不能给一个sra格式参考一下，谢谢~
2019-11-13
科研院-冯吉 :

能不能给一个sra格式参考一下，谢谢~
2019-11-13

其他资源

免责申明

【只为小站】的资源来自网友分享，仅供学习研究，请务必在下载后24小时内给予删除，不得用于其他任何用途，否则后果自负。基于互联网的特殊性，【只为小站】无法对用户传输的作品、信息、内容的权属或合法性、合规性、真实性、科学性、完整权、有效性等进行实质审查；无论【只为小站】经营者是否已进行审查，用户均应自行承担因其传输的作品、信息、内容而可能或已经产生的侵权或权属纠纷等法律责任。
本站所有资源不代表本站的观点或立场，基于网友分享，根据中国法律《信息网络传播权保护条例》第二十二条之规定，若资源存在侵权或相关问题请联系本站客服人员，zhiweidada#qq.com，请把#换成@，本站将给予最大的支持与配合，做到及时反馈和处理。关于更多版权及免责申明参见版权及免责申明