AutoDock-GPU：适用于GPU和其他加速器的AutoDock
关于
OpenCL和Cuda加速版的AutoDock4.2.6。 它通过在多个计算单元上并行处理配体-受体姿势来利用其令人尴尬的可并行LGA。
OpenCL版本是与TU-Darmstadt合作开发的，能够针对CPU，GPU和FPGA架构。
Cuda版本是与Nvidia合作开发的，以便在Oak Ridge国家实验室（ORNL）峰会上运行AutoDock-GPU，其中包括Jubilee Development公司的Aaron Scheinberg开发的批量配体管线。
引文
使用GPU和基于梯度的本地搜索加速AutoDock4， 2021，10.1021 / acs.jctc.0c01006
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特征
基于梯度的本地搜索方法（例如ADADELTA），以及AutoDock 4中Solis-Wets的改进版本。
它针
2021-07-20 16:36:33
18.19MB
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autodocksuite-4.2.6-x86_64Linux2.tar
2021-04-23 16:00:44
726KB
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AutoDock Vina：对接和虚拟筛选程序
AutoDock Vina是最快，使用最广泛的开源对接引擎之一。 它是一个交钥匙的计算对接程序，它基于简单的评分功能和快速的梯度优化构象搜索。 它最初是由分子图形实验室的Oleg Trott博士设计和实施的，现在由斯克里普斯研究所的Forli实验室进行维护和开发。
AutoDock4.2和Vina评分功能
支持同时对接多个配体和分批模式进行虚拟筛选
大环分子的支持
水合对接协议
可以编写和加载外部AutoDock映射
适用于Python 3的Python绑定
AutoDock Vina是根据Apache许可版本2.0发行的。
文献资料
安装说明，文档和教程可在上。
引文
Trott，O.＆Olson，AJ（2010）。 AutoDock Vina：通过新的评分功能，高效的优化和多线程功能，提高了对接的速度和准确性。 计算化学杂志，31（2
2021-03-26 00:08:10
25.92MB
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