CellBender
CellBender是一个软件包，用于消除高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的技术伪像。
当前版本包含以下模块。 将来将添加更多模块：
remove-background ：
此模块从（原始）基于UMI的scRNA-seq计数矩阵中删除由于周围RNA分子和随机条形码交换引起的计数。 目前，仅支持由CellRanger count管道生成的计数矩阵。 将来会增加对其他工具和协议的支持。 在可以找到快速入门教程。
请参阅以获取有关使用CellBender的快速入门教程。
安装及使用
手动安装
推荐的安装方法如下。 创建一个conda环境并激活它：
$ conda create -n cellbender python=3.7
$ source activate cellbender
安装模块：
(cellbender) $ conda in
2021-05-12 13:39:16
613KB
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FastQC是一种质量控制分析工具，旨在发现高通量测序数据集中的潜在问题。 它的目标是提供一种简单的方法来检查来自高通量测序管道的原始序列数据的质量。 它通过对一个或多个fastq或bam格式的原始序列文件运行一组模块化的分析来实现此目的。 然后，它会生成一份报告，汇总结果，并突出显示该库可能显得异常的任何区域。 然后，这应该将您定向到数据可能存在问题的位置，并允许您采取必要的步骤进行更正，然后再进行任何进一步的分析。 FastQC不受任何特定类型的测序技术的束缚，因此可用于查看各种实验类型的文库（基因组测序，ChIP-Seq，RNA-Seq，BS-Seq等）。
2021-04-29 13:04:42
9.78MB
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氙灯抽运将导致钕玻璃内产生不均匀温升，这是产生应力退偏的根本原因。热致应力退偏效应将直接降低系统效率、影响光束质量，因此确定片内的温度分布以及应力分布，准确预测由此带来的光束退偏特性并合理设计光束填充因子是十分重要的。介绍了我国第一台单束输出能力超过万焦耳的惯性约束聚变激光驱动器中大口径高通量验证实验平台片状放大器的热致退偏效应，通过理论模拟计算获得了钕玻璃片内三维温升分布、应力分布与由此导致的退偏分布特性，结果表明，片状放大器在5.28%/cm平均小信号增益系数输出的情况下整个光束口径内的应力双折射是很小的，但方光束的四个角部处的应力双折射较严重，最大的退偏量约为0.13％，该结果与劳伦斯·利弗莫尔实验室实验测得的结果基本一致。输出的激光近场结果表明，片状放大器热致退偏效应可满足大能量装置输出设计要求。
2021-02-23 18:04:17
3.35MB
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通量计
该项目基于微芯片PIC12F1822微控制器，模拟通量表的操作，读取模拟输入并生成调频信号。
2021-02-22 14:06:24
107KB
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