CRISPR primer designer 本地化运行的单机版基因编辑引物设计软件、提高基因编辑特异性、自动分析Blast比对结果，直接生成最终引物，内置拟南芥和水稻基因组序列，自定义基因组后也可支持人、小鼠、果蝇、斑马鱼等多个物种的基因编辑引物设计。 简易使用教程： 第一步：把基因的 CDS 序列（注意是编码区序列）贴到框里，勾选 Local blast，点 Search PAMs 第二步，从弹出的对话框中，选择背景基因组（水稻/拟南芥，程序中内置了拟南芥和水稻的基因组序列，也可以自己上传其它物种分染色体的基因组序列），点 Blast 按钮。 系统自动执行搜索，并与背景基因组比对，等待…… 提示完成后，点确定按钮 到这一步，结果基本出来了，对每一个 PAM 进行了打分，分越低的越好，没有分的PAM不建议选用，因脱靶概率比较高，这个程序算法相对严格，因此候选的PAM一般比较少。选择一个 PAM（如果不选，默认的是分数最低的那个），再选择所用的载体名称（系统内置了一些常用载体的接头序列，也可以自定义其它载体），系统就直接给出了引物序列！ 拷贝过去合成，完成！ 参考文献： Yan, M., Zhou, S.-R., and Xue, H.-W. (2015). CRISPR Primer Designer: Design primers for knockout and chromosome imaging CRISPR-Cas system. Journal of integrative plant biology 57:613-617.

分子生物学 引物设计软件 DNAMAN 9 英文注册版 ************************************************** 1. 先点击Setup.exe安装原版，完成先不要运行DNAMAN； 2. 复制DNAMAN.exe 复制到安装目录下（默认目录为C:\Program Files (x86)\DNAMAN\），替换同名文件即可； 3. Enjoy！

Primer Premier 5

单位点突变引物设计，snp位点引物设计，很不错

如果你做real time PCR 的仪器是ABI 公司，设计引物时一定要用ABI 引物设计软件primer express，primer express 3.0当前最优秀的RT-PCR引物设计软件

引物设计在PCR实验方案设计中是非常重要而且常用的，掌握引物设计决定实验成败

背景：多重PCR定义为在一根试管中使用不止一个引物组（包含正向引物和反向引物）同时扩增DNA模板的多个区域，已被广泛用于临床和环境微生物学研究中。 然而，用于多重PCR的引物设计仍然是一个有挑战性的问题，需要考虑几个因素。 这些问题包括由于与非目标DNA模板的非特异性结合导致的引物错误，引物二聚化以及无法分离和纯化具有相似电泳迁移率的DNA扩增子。 结果：开发了一个名为MPprimer的新程序，以帮助用户设计具有高度可靠性的多重PCR引物组。 它使用广泛使用的引物设计程序Primer3和引物特异性评估程序MFEprimer，根据基因组或转录本DNA数据库设计和评估候选引物，然后仔细检查以避免引物二聚化。

Krait：微卫星研究和引物设计 目录 介绍 Krait是一款功能强大且超快速的工具，具有用户友好的图形界面，可用于全基因组范围内的微卫星研究，从而试图克服当前可用工具的局限性。 Krait用Python编写，可以在Windows，Linux或Mac系统上作为独立的桌面应用程序运行而无需依赖。 微卫星搜索引擎用C编写，并编译为Python模块，以导入到Krait中 特征 确定完美的SSR 识别不完善的SSR（iSSR） 化合物SSR（cSSR）的鉴定 从超大型基因组中鉴定VNTR 在基因编码区定位SSR 微卫星设计入门 统计分析和绘图 支持gzip压缩的fasta作为输入文件 支持导出FASTA，GFF3或CSV 从NCBI数据库下载DNA序列 下载 https://github.com/lmdu/krait/releases 文献资料 http://krait.bios

Oligo 7.37 用于引物探针的设计，引物探针的验证，是生物行业从业者必不可少的软件之一。内附注册机，保证可用

Primer premier6软件，内附破解文件及安装教程，可以根据教程非常轻松的完成安装