可视化基因组注释 D3 JavaScript基因组特征（gff）文件的交互式可视化 这引入了一个框架，用于创建（GFF）的交互式信息性可视化。 通用特征格式（GFF）也称为基因发现格式，是一种描述基因组和蛋白质序列特征的文件格式。 GFF文件是制表符分隔的文本文件，其中每个功能都在一行中描述。 有关GFF格式的更多信息，请访问 。 例如对于玉米，我使用的GFF文件看起来像- 9 ensembl chromosome 1 156750706 . . . ID=9;Name=chromosome:AGPv2:9:1:156750706:1 9 ensembl gene 66347 68582 . - . ID=GRMZM2G354611;Name=GRMZM2G354611;biotype=protein_coding 9 ensembl mRNA 66347 68582 . - .

白菜和诸葛菜杂交中的基因组加倍、染色体消除及偏白菜型杂种的产生，刘旻，，利用白菜和白菜型油菜作母本与十字花科的诸葛菜杂交，通过胚抢救技术获得了一系列的属间杂种。尽管这些杂种在表型主要上偏向母本

越来越多的巨大全基因组 (>1G) 的序列可用性不断增加，击败了当前现有的 SSR 分析工具。 Genome-wide Microsatellite Analyzing Tool (GMATo) 是一个新的强大的程序，用于更快地挖掘任何长度、任何大小的 SSR，以及基因组方面的全面统计分析，专为基于 Perl 脚本的巨大基因组而设计。 只需要一个输入文件，其中包含原始 fasta 格式的 DNA 序列和表格格式的输出文件，列出所有 SSR 位点信息和四个生物学家感兴趣的分类的统计分布。 GMATo 还具有 Java 脚本的简单图形用户界面和 Perl 的命令行界面，可在 Windows、Linux 和 Mac 等平台上运行，为生物学家和生物信息学家提供易于定制的参数控制。 软件 GMATo 是在巨大基因组中进行 SSR 表征的更好工具 引用本文：Wang X. et al , Bioinformation [2013, 9(10):541-544]

parallelLastz：parallelLastz：并行运行Lastz

funannotate是用于基因组注释的管道（专门为真菌构建，但也可用于高级真核生物）。 有关安装，使用和更多信息，请参见 最快启动Docker： 您可以使用funannotate运行funannotate 。 需要注意的是，GeneMark不包含在Docker映像中（请参阅下面的许可，您可以向开发人员投诉，因为它难以分发/使用）。 我还编写了一个bash脚本，该脚本可以运行docker映像并自动检测/包括正确的用户/卷绑定。 该docker映像是基于master中的最新代码构建的，因此它将早于标记的发行版。 该映像还包括所需的数据库，如果您只想在没有数据库的情况下进行注解，则该映像位于nextgenusfs/funannotate-slim hub以及nextgenusfs/funannotate-slim 。 因此，可以通过以下方式实现此路线： # download/pull th

使用机器学习进行DNA测序 双螺旋是DNA的正确化学表示。 但是脱氧核糖核酸是特别的。 它是由四种类型的氮碱基组成的核苷酸：腺嘌呤（A），胸腺嘧啶（T），鸟嘌呤（G）和胞嘧啶。 我们总是称它们为A，C，GandT。 基因组是生物体中DNA的完整集合。 所有生物物种都有一个基因组，但是它们的大小差异很大。 作为数据驱动的科学，基因组学广泛地利用机器学习来捕获数据中的依存关系并推断出新的生物学假设。 尽管如此，要从成倍增长的基因组数据量中提取新见解的能力需要更强大的机器学习模型。 通过有效利用大型数据集，深度学习已重构了计算机视觉和自然语言处理等领域。 它已成为许多基因组建模任务的首选方法，包括预测遗传变异对基因调控机制（如DNA接受性和剪接）的影响。 因此，在这里，我们将了解DNA结构以及如何使用机器学习来处理DNA序列数据。 前提条件： Biopython ：是python模块

谢谢你的 通过 K-mer 搜索和 3' 读取扩展进行短序列组装 雷内·沃伦 2006-2021 描述 SSAKE 是一种基因组学应用程序，用于从头组装数百万个非常短的 DNA 序列。 它是一种易于使用、稳健、可靠且易于处理的组装算法，适用于短序列读取，例如 Illumina Ltd. 生成的那些。 SSAKE 算法是许多基因组学应用程序（例如 VCAKE、QSRA、SHARCGS、SSPACE、JR-Assembler）的核心，它们的设计继续激发新一代组装器（例如 JR-Assembler、PNAS 2013）。 SSAKE 的应用扩展到基因组组装之外，该技术被应用于分析 T 细胞宏基因组、靶向从头组装 (TASR)、支架（LINKS、ARCS）、HLA 分型（HLAminer），并且是在结肠癌中发现梭杆菌的关键，这一发现被《时代》杂志评为 2011 年十大医学突破之一。 根据 ICG

NOVOPlasty-细胞器装配体和异质性调用者 NOVOPlasty是短循环基因组的从头汇编程序和异质/方差调用者。 最近更新：21年4月2日的版本4.3 更新的配置文件！ 在配置文件中添加了输出目录选项 在配置文件中添加了本地本地存储哈希选项，以在多次运行中使用同一数据集时加快装配速度20/03/20 改进的组装方法 改进的异质性检测。 异质性输出现在包括插入缺失的AF和DP。 20/07/01 更新的配置文件！ 改进的异质调用 改进的细胞器组装 新功能：现在可以直接扩展种子，这不会校正给定的种子，因此它可能不存在不匹配的情况19 24/04/19 更新的配置文件！ 新的异质功能（可以通过局部组装链接异质突变） 新批处理功能 组装方面的小改进 引用 如果您使用异质或方差调用选项，请同时引用这两篇文章： 获得帮助 本页上未解决的任何问题/要求/问题/评论都可

使用重叠图，Kmer Composition和De-Bruijn图组装Phi-X174基因组。 披X174 phi X 174（或ΦX174）噬菌体是单链DNA（ssDNA）病毒，是第一个要测序的基于DNA的基因组。 这项工作由弗雷德·桑格（Fred Sanger）和他的团队在1977年完成。在1962年，沃尔特·菲耶斯（Walter Fiers）和罗伯特·辛斯海默（Robert Sinsheimer）已经证明了ΦX174DNA的物理上，共价闭合的圆形度。 诺贝尔奖获得者亚瑟·科恩伯格（Arthur Kornberg）使用ΦX174作为模型，首先证明了在试管中由纯化的酶合成的DNA可以产生天然病毒的所有特征，从而迎来了合成生物学的时代。 Craig Venter研究小组在2003年报告说，ΦX174的基因组是第一个在体外由合成的寡核苷酸完全组装的基因组。 ΦX174病毒颗粒也已在体外成功

gfftobed 转换GFF3 / GTF到BED 该程序采用GFF3或GTF（基于1）格式的输入基因组注释，并将特定特征转换为6列BED格式（基于0），同时保留注释文件属性列的任何所需字段。 当需要围绕特定特征和唯一ID的基因组间隔时，此功能很有用。 它还可以在每个功能周围添加一个窗口。 处理文本文件（例如GFF和GTF）并不总是很困难，但是在某些情况下，好的awk或grep不能解决问题。 考虑一种情况，您在一个床文件中包含GTF的所有“基因”功能，同时保留了“基因名称”。 当然， grep "gene" gencode.vM25.annotation.gtf | awk 'FS="\t"{print $1"\t"$4-1"\t"$5"\t"$9"\t"$8"\t"$7}' grep "gene" gencode.vM25.annotation.gtf | awk 'FS="\t"