"rgcn_ppi"是一个基于Python的项目,它利用图卷积网络(Graph Convolutional Networks, GNN)处理蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-Protein Interactions, PPI)的数据。在生物信息学领域,PPI网络是研究细胞内部蛋白质之间相互作用的重要工具。通过分析这些交互,科学家可以理解各种生物学过程,例如信号转导、疾病机制以及药物发现。 在"rgcn_ppi"项目中,重点是使用图卷积网络来预测蛋白质之间的相互作用。GNN是一种深度学习模型,它能够处理非欧几里得数据,如图结构,特别适合处理蛋白质网络。RGCN(Relational Graph Convolutional Network)是GNN的一个变种,它引入了关系类型的概念,可以处理具有多种类型的边(即不同类型的相互作用)的复杂图。 项目的核心部分可能包括以下几个方面: 1. **数据预处理**:项目会涉及到将PPI数据转换为适合GNN处理的格式。这通常包括读取蛋白质的属性数据(如氨基酸序列、结构信息等),构建蛋白质之间的相互作用图,以及编码边的类型信息。 2. **图构建**:在Python中,可以使用如NetworkX或PyTorch Geometric等库来构建和操作图数据结构。每个节点代表一个蛋白质,边表示它们之间的相互作用,而边的类型则由边的权重或特性表示。 3. **模型构建**:RGCN模型的实现将涉及定义图卷积层,这些层可以学习节点特征的表示,同时考虑它们的邻居和边的类型。这通常通过定义图卷积操作、激活函数、归一化步骤等实现。 4. **训练与优化**:使用Python的深度学习库,如TensorFlow或PyTorch,来实现模型的训练。这包括定义损失函数(如二元交叉熵)、优化器(如Adam)、以及训练循环。模型会在一部分数据上进行训练,并在另一部分数据上进行验证,以调整参数并避免过拟合。 5. **预测与评估**:训练完成后,模型可以用来预测未知蛋白质对的交互性。同时,需要使用适当的评价指标(如AUC-ROC、精度、召回率等)来衡量模型的性能。 6. **可视化与解释**:为了便于理解和解释模型的预测,可能会集成一些可视化工具,如TensorBoard或matplotlib,以展示模型学习到的蛋白质特征、预测结果或图的结构。 在"rgcn_ppi-master"这个压缩包中,可能包含项目的源代码、数据集、配置文件、README文档等。通过阅读源代码,我们可以深入了解如何将上述步骤具体实施,同时可能还会发现作者对于模型架构的创新改进或特定于PPI任务的策略。这个项目不仅提供了一个实际应用GNN解决生物问题的例子,也为其他领域的研究者提供了学习和参考的材料。
2025-03-27 18:19:25 7KB Python
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西门子ppi协议c代码
2024-05-06 13:24:56 5KB ppi协议
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PPI数据集上用图卷积神经网络实现节点分类,包括GCN分类网络搭建、PPI数据集的数据预处理,以及节点分类网络的训练和测试代码。
2024-01-06 14:44:02 7KB 图卷积神经网络
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C#写的ppi协议。
2023-10-16 05:06:02 88KB C# ppi
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西门子PPL通讯协议详解、读取写入数据,时钟读取设置、重置复位等通信数据解析
2023-07-07 08:24:24 116KB 西门子 PLC 通讯协议 PPI
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通过建立VEC模型,利用Johansen协整检验和冲激响应函数,探索了消费者价格指数(CPI)和生产者价格指数(PPI)之间的关系。 结果表明,CPI与PPI之间存在长期均衡协整关系。 CPI对PPI有一定影响。 PPI对CPI也有一定影响。 PPI的长期和短期影响都很大。 当前的CPI将受到先前CPI以及先前PPI的积极影响的不利影响。 当前的PPI将受到CPI上一阶段和PPI上一阶段的积极影响。
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S7-200PLC的编程通讯接口,内部固化的通讯协议为PPI协议,如果上位机遵循PPI协议来读写PLC,就可以省略编写PLC的通讯代码。如何获得PPI协议?可以在PLC的编程软件读写PLC数据时,利用第三个串口侦听PLC的通讯数据,或者利用软件方法,截取已经打开且正在通讯的端口的数据,然后归纳总结,解析出PPI协议的数据读写报文。这样,上位机遵循PPI协议,就可以便利的读写PLC内部的数据,实现上位机的人机操作功能
2023-02-21 02:12:34 941B VB S7-200
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19.关于手机屏幕的几个参数:屏幕大小、分辨率、PPI.pdf
2022-11-28 22:21:36 820KB app Android UI设计规范 ui设计
该资源使用OpenGL技术结合Qt5实现雷达PPI平面坐标显示器的展示和目标点的绘图,使用时注意修改Opengltest.pro中的LIBS后面的路径,将GLU32.lib和OpenGL32.lib的路径改为当前项目中二者的位置即可。
2022-11-23 08:33:59 250KB OpenGL Qt5 雷达余晖PPI显示
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SarsCov2-PPI网络 SARS-COV 2网络图的初步数据分析
2022-11-19 16:13:25 34.49MB JupyterNotebook
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