Metaboverse做什么？ 由于多种原因，在代谢网络上整合多组或单组代谢数据可能具有挑战性。 Metaboverse试图通过提供一个简单，用户友好的界面为用户简化此任务，该界面用于在代谢网络的动态表示中分层其数据，并自动在网络中搜索有趣的法规或其他模式。 此外，Metaboverse提供了多种工具来实现代谢数据的上下文化： 来自生物网络 集成BiGG或BioModels网络的附加兼容性。 整合两条件，多条件和时间过程数据 使用我们的监管模式搜索引擎搜索监管事件 将React与缺少数据的中间React合并在一起，以便在稀疏数据集中更轻松地进行可视化和模式分析 探索特定于超级路径的React扰动网络 使用我们的最近邻居搜索功能，探索全球React网络中特定实体的近端React 详细的演练和其他使用信息可在找到。 入门 要求 互联网连接以进行网络管理 于您的操作系统的最新版本 Linu

通过串联质谱技术进行多肽测序是蛋白质组学领域中蛋白质识别最强有力的工具之一。因为完整的基因组序列正在迅速地积聚，串联质谱光谱解释的最近趋势早已是数据库搜索。然而，从头测序串联质谱光谱解释仍然是一个公开的问题，它典型地包含质谱专家手工解释。我们为从头测序解释开发了一种新算法SHERENGA，它可以自动地从任何类型质谱仪产生的一个测试光谱集合中学习碎片离子的类型和强度阈值。测试数据用来构建串联质谱光谱表示图中的最佳路径打分。一个高得分路径的分级列表对应了潜在的多肽序列。SHERENGA在解释未知蛋白质的多肽序列和验证全自动、高通量多肽测序数据库搜索算法的结果时是最有用的。

开重 作者： 彼得·门泽尔（Peter Menzel） 安德斯·克罗（Anders Krogh） Kaiju是一个程序，用于从宏基因组DNA的全基因组测序中对高通量测序读段（例如Illumina或Roche / 454）进行分类分类。 使用NCBI分类法和来自微生物和病毒基因组的蛋白质序列参考数据库，将读物直接分配给分类单元。 该程序在描述 （开放访问）。 Kaiju可以在本地安装（请参阅下文），也可以通过。 有关所有版本的请参见的发行说明。 执照 版权所有（c）2015-2021 Peter Menzel和Anders Krogh Kaiju是免费软件：您可以根据自由软件基金会发布的GNU通用公共许可的条款（许可的版本3）或（根据您的选择）任何更高版本来重新分发和/或修改它。 发行Kaiju的目的是希望它会有用，但不作任何担保； 甚至没有对适销性或特定用途适用性的暗示

使用重叠图，Kmer Composition和De-Bruijn图组装Phi-X174基因组。 披X174 phi X 174（或ΦX174）噬菌体是单链DNA（ssDNA）病毒，是第一个要测序的基于DNA的基因组。 这项工作由弗雷德·桑格（Fred Sanger）和他的团队在1977年完成。在1962年，沃尔特·菲耶斯（Walter Fiers）和罗伯特·辛斯海默（Robert Sinsheimer）已经证明了ΦX174DNA的物理上，共价闭合的圆形度。 诺贝尔奖获得者亚瑟·科恩伯格（Arthur Kornberg）使用ΦX174作为模型，首先证明了在试管中由纯化的酶合成的DNA可以产生天然病毒的所有特征，从而迎来了合成生物学的时代。 Craig Venter研究小组在2003年报告说，ΦX174的基因组是第一个在体外由合成的寡核苷酸完全组装的基因组。 ΦX174病毒颗粒也已在体外成功

practices and guidelines for clinical next-generation sequencing oncology