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一种新颖的快速且高效存储的并行MLCS算法,用于长序列和大规模序列比对
通常可以将信息抽象为有限字母上的字符序列。 随着大数据时代的到来,来自各个应用领域(例如,生物序列)的序列的长度和大小不断增加,导致了经典的NP难题,即寻找多个序列的多个最长公共子序列(即MLCS问题在生物信息学,计算基因组学,模式识别等领域具有许多应用),成为研究热点并面临严峻挑战。 在本文中,我们首先揭示了基于主导点的MLCS算法很难应用于长序列和大规模序列比对。 为了克服它们的缺点,基于提出的问题解决模型和并行拓扑排序策略,我们提出了一种新颖的高效并行MLCS算法。 对随机序列和生物学序列的基准数据集进行的综合实验表明,该算法的时间和空间复杂度仅与对齐序列的优势线性相关,并且该算法大大优于现有算法的状态。先进的基于优势点的MLCS算法,因此非常适合于长距离和大规模序列比对。
2023-03-16 02:34:42
640KB
研究论文
1
并行/分布式计算的应用-云计算课件——中科院
并行/分布式计算的应用 科学计算 天气预报 核物理计算 生物计算 地震预测 机械设计 航空航天 大规模数据处理 搜索引擎索引 网络日志分析 …… 2012/9/18 Cloud Computing, GUCAS 157
2023-03-15 15:46:49
31.89MB
云计算
1
并行编译技术
对新的并行编译技术做了介绍
2023-03-13 21:45:09
266KB
pdf
并行
编译
1
用CPLD实现单片机与ISA总线接口的并行通信
用CPLD实现单片机与ISA总线接口的并行通信
2023-03-12 15:00:13
166KB
CPLD
ISA
1
基于OpenCL的异构系统并行编程
对异构处理器在传统通用计算中利用率低的问题,提出基于开放计算语言OpenCL(opencomputing language)的新的通用计算技术,它提供了统一的编程模型。介绍了OpenCL的特点、架构及实现原理等,并提出OpenCL性能优化 策略。将OpenCL与计算统一设备架构CUDA(computeunified device architecture)及其它通用计算技术进行对比。对比 结果表明,OpenCL能够充分发挥异构处理平台上各种处理器的性能潜力,充分合理地分配任务,为进行大规模并行计算 提供了新的强有力的工具。
2023-03-10 15:46:38
443KB
opencl
GPU通用计算
期刊论文
1
通过 CUDA 实现高斯混合模型的期望最大化:CUDA 为高斯混合模型启用了并行 EM,提供超过 100 倍的性能提升。-matlab开发
这是多维高斯混合模型的期望最大化算法的并行实现,旨在在 NVidia 显卡上运行,支持CUDA。 在我的机器上,它提供高达 170 倍的性能提升(16 个暗淡、16 个集群、1000000 个数据点)。 有关更多信息,请参阅http://andrewharp.com/gmmcuda 上提供的报告。 有趣的代码都在 gpugaumixmod.h 和 gpugaumixmod_kernel.h 中。 参考 CPU 实现位于 cpuaumixmod.h 中。 它可以集成到支持 CUDA 的系统上的任何 C 程序中。 此外,在 gmm.cu 中提供了 Matlab 集成。 自最初发布以来,我添加了同步随机重启。 实验 1 现在利用了这一点。 编译================================================== ====================
2023-03-09 17:44:44
127KB
matlab
1
基于GPU的大规模人群疏散模拟
基于中央处理器(CPU)串行的人群疏散传统方法对于人群规模较少的场景,可以得到良好的疏散模拟效果,但在人群密度较高的场景中,难以达到实时模拟的要求.为了克服上述问题,实现了一种基于图形处理器(GPU)的人群疏散模拟的方法.该方法通过对个体寻径算法的优化,不仅能使个体快速准确地智能寻径,而且将个体寻径独立性与图形处理器高性能计算特性进行结合,充分利用了图形处理器强大的并行计算能力,从而大幅度提高了人群疏散模拟的人群规模,使人群疏散模拟的实时性得到增强.
2023-03-09 09:36:14
1.68MB
人群疏散模拟;
图形处理器;
个体寻路算法;
并行化仿真
1
计算机系统结构02(时间并行_指令级并行)(1)1
北京邮电大学邝 坚2020年3月计算机系统结构(时间\指令级并行)邝坚北京邮电大学 计算机学院/软件学院 嵌入式系统与网络通信研究中心从指令重叠到流水线时间执行
2023-03-07 16:15:29
1.77MB
1
matlab机械臂逆运动学代码-P-Bot:基于FPGA的机器人项目的仓库。并行性对移动机器人有什么作用?
matlab机械臂逆运动学代码P-Bot 基于FPGA的机器人项目的仓库。 并行性对移动机器人有什么作用? 目录 1.简介 在这个项目中,我正在构建一个机器人,并使用FPGA进行一些处理。 我的理由有三点: 了解如何使用FPGA,尤其是机器人技术 了解机器人FPGA擅长的方面,并了解如何将FPGA集成到实际的机器人中。 了解有关机器人的嵌入式编程的更多信息。 我想编写更优雅,更复杂的嵌入式代码。 2.六足机械设计 腿部设计 六脚架的大多数机械设计都涉及腿的设计。 开链腿 开链链接非常简单:每个链接都在远端跟随一个关节,直到末端执行器(末端执行器)是最远端的关节。 由于开放链设计简单明了,因此在机器人六足动物中几乎无处不在。 在静态分析的基础上,我给出了一个简单的方法,可以根据给定机器人腿部和躯干的质量和长度来计算准静态运动每个伺服器所需的扭矩。 我正在使用。 ES08MA在4.8V-6V上运行 克兰联动 开链腿的一种有趣的替代方法是,方法是: 此支腿设计需要权衡以下几点: 只需要一个致动器来伸展和收缩腿,但是腿的机械复杂得多。 而且,两条腿通常通过共同的致动器联接在一起,这将约束可能的
2023-03-07 13:06:01
4.5MB
系统开源
1
parallel:并行运行命令的 Shell 实用程序,具有动态启动停止和节流功能
平行 并行运行命令的 Shell 实用程序,具有动态启动/停止和节流功能。 还包括一个并行运行 rsync 的实用程序。 添加了一个新工具 calc_depth.pl 以尝试帮助确定用于 psync 的深度。
2023-03-06 14:42:22
17KB
Shell
1
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