基因组数据库，1.3G，包括图像，数据太大，放在百度网盘，资源内附链接和密码

基因组序列分析

从网站下载下来的hg38.fa非常大，不利于实验，这个工具可以从中提取单个染色体以便于实验，需要在linux中运行，运行命令在Readme.txt中。

共同 CoMut是一个Python库，用于创建换位图以可视化基因组和表型信息。 安装 CoMut可PyPI上的，并且可以通过安装pip pip install comut Colab快速入门 对于那些不想安装Python或其他软件包的用户，可以使用，您可以在其中简单地上传文件并运行笔记本以制作基本的换乘图。 该文件也可以作为在本地使用。 引文 CoMut现在在这里发布- 。 如果您在论文中使用CoMut，请引用： Crowdis，J.，He，MX，Reardon，B.和Van Allen，EM CoMut：使用换乘图可视化集成的分子信息。 生物信息学（2020）。 doi：10.1093 / bioinformatics / btaa554 文献资料 还有一个，提供有关CoMut的文档。 它描述了创建通勤图的基础知识，并提供了用于生成上述通勤的代码。 发展 如果您要报告错误或请求功

HASLR：长读的快速混合组装 介绍 HASLR是用于长测序读数的快速基因组组装的工具。 HASLR是一种混合工具，这意味着它需要使用同一样品的第三代测序技术（例如PacBio或Oxford Nanopore）生成的长读本以及下一代测序读物（例如Illumina）。 HASLR能够在单个计算节点上组装大型基因组。 我们的实验表明，使用64个CPU线程，它可以在不到10小时的时间内组装CHM1人类数据集。 安装 要求 GCC≥4.8.5 Python3 zlib 依存关系 HASLR依赖于以下将自动安装的工具： 用于共识阅读长篇文章 用于组装短读 用于将短阅读重叠群与长阅读对齐 用于FASTA / Q操作 使用conda 可以使用conda软件包管理器通过bioconda渠道安装HASLR： conda install -c bioconda haslr 从源头建造 git clo

R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用

Fourfront元数据数据库 概述 这是来自的分支。 我们正在努力使该项目模块化，并适应我们对4D Nucleome项目的需求。 安装 已知Fourfront可与Python 3.6.x一起使用，而不适用于Python 3.7或更高版本。 如果是4DN小组的成员，建议使用Python 3.4.3，因为这是我们服务器上运行的内容。 在执行以下步骤之前，最好的做法是使用这些版本之一创建一个全新的Python virtualenv。 步骤0：取得凭证 获取AWS密钥。 这些将需要添加到您的环境变量中，或通过AWS CLI（在此过程的后面安装）添加。 步骤1：自行验证自制程序 验证自制程序是否正常工作： $ brew doctor 步骤2：安装自制的依赖项 安装或更新依赖项： $ brew install libevent libmagic libxml2 libxslt openssl p

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