该存储库包含您需要对PA进行原子模拟的所有顶级操作。 script.py是首先运行的主要脚本。 查看内部以查看其工作方式以及如何定义参数。 它将为已定义参数的模拟实例创建一个文件夹模拟，并使用子过程Popen与命令行输入自动交互。 基本文件夹/文件（基本上意味着您不需要更改它们）： charmm36-jul2020.ff 四元数 utils.py top_all36_prot_forPAs.rtf PA_generic.pdb（用于C16 PA和肽段） 自定义文件（您可能需要根据用例进行调整） script.py * .mdp jobscript.sh run.py / rerun.py 笔记 请记住将定制的PA残基C16 C12 12C SPI到residuetypes.dat 。 在macOS上，该文件应位于/usr/local/gromacs/share/gro

文件包含CHARMM简介，CHARMM的势函数，CHARMM的基本要素，CHARMM的应用实例等内容