使用分子动力学模拟了由严重压缩变形导致的多晶材料中的晶粒细化。 制备了一个简化的模型，该模型具有被周期性边界包围的四个方形晶粒，并通过缩短y方向的长度来施加压缩变形。 模型首先发生弹性变形，压缩应力单调增加。 然后开始非弹性变形，应力急剧下降。 在那一刻，位错或滑动开始于晶界或三重结，然后在晶粒内扩散。 然后在一些晶粒中产生新的晶粒边界，并出现亚晶粒。 最后，获得具有细化晶粒的显微组织。 使用两种类型的晶粒排列和三种不同的晶体取向组合来模拟此过程。 在每种情况下，晶粒细化通常以类似的方式进行，而详细的非弹性变形和晶粒细化行为则取决于初始的微观结构。

Lammps计算输入文件 # 2d LJ crack simulation(问题的基本初始化) dimension 2 #2维分子动力学模拟 boundary s s p #x,y方向不存在周期边界条件，z方向周期边界条件。 atom_style atomic #原子类型（金属） Neighbor 0.3 bin #建近邻表参数（rc+0.3）bin表示为近邻表类型。 neigh_modify delay 5 #间隔多少载荷步重新形成近邻表

保守值法matlab代码与MD的接触角 Matlab代码可通过分子动力学模拟计算固液接触角 这些Matlab代码通过固体基质上液滴的分子动力学模拟来计算固液接触角。 所有代码都读取LAMMPS轨迹文件。 有关每种方法背后的理论以及适当引用代码的更多详细信息，请参阅以下出版物： Khalkhali M，Kazemi N，Zhang H，Liu Q，“纳米尺度的润湿：原子模拟研究”，《化学物理学报》 146，114704（2017） 您可以在每个文件夹中找到什么： Fan ：MATLAB文件，根据CF Fan和T.Cain在《化学物理学报》 103，9053（1995） （]中概述的方法来计算固液接触角。 Hautman ：根据J. Hautman和ML Klein，Physical Review Letters 67，1763（1991） （]中概述的方法，计算MATLAB的固液接触角。 MK ：MATLAB文件，用于根据Khalkhali M，Kazemi N，Zhang H，Liu Q，《化学物理学报》 146、114704（2017）中概述的方法计算固液接触角。 Ruijter ：

lammps分子动力学、gromacs分子动力学、与第一性原理vasp

D.使用EAM势模拟Ni的剪切行为 v upper lower mobile z x y Ni FCC 晶格

分子动力学模拟的一些理论和实践

这个是lammps官网的第二个例子，里面有我个人的注释，几乎每行都有，能够快速学习，这个和第一个例子程序差不多，举一反三，第一个例子的程序差不多就会了。。

计算机辅助药物设计中的分子动力学模拟简介.pdf

采用结合双温方程的分子动力学方法，数值模拟脉宽为200 fs，能量密度为30~45 mJ/cm2 的超快激光与CuZr非晶合金的相互作用过程。模拟结果表明：超快激光作用下CuZr 非晶材料中原子加热速度比普通晶态金属慢得多；作用过程内部应力的演化表现为首先产生拉应力；并且随着温度与应力的演化，靶材内部产生空泡，空泡的平均大小和数目都与能量密度直接相关；靶材的烧蚀机制表现为机械破损，且烧蚀深度随着能量密度增大而增加。研究结果有助于更深入地理解飞秒激光与非晶合金相互作用机理。

单晶Cu纳米线单向拉伸和压缩的分子动力学模拟，袁林，张江伟，加工硬化现象普遍存在于金属塑性加工过程中。长久以来，这种现象一直吸引着人们的注意力。当在低温(T<0.3Tm)条件下施加应力时，加工