纳滤
长时间读取的测序数据的过滤和修整。
根据质量和/或读取长度进行过滤，并在通过过滤器后进行可选的修整。 从stdin读取，写入stdout。 （可选）直接从命令行上指定的未压缩文件中读取。
拟用于：
fastq提取后直接
映射之前
在提取和映射之间的流中
另请参阅。 由于计算的读取质量与--summary汇总的质量之间，因此该脚本采用v1.1.0版本，因为它也可选地使用--summary参数。 将此参数与albacore的sequence_summary.txt文件一起使用时，将使用摘要中的质量得分进行过滤。 它也更快。
安装和升级：
pip install nanofilt pip install nanofilt --upgrade
或者
conda install -c bioconda nanofilt
NanoFilt是为Python 3编写的。
用法：
Nan
2022-03-01 14:21:06
23KB
1
Splitfp
Splitfp是一款可以拆分第二代和第三代测序数据的软件。
安装
安装方法1
git clone https://github.com/zxgsy520/splitfp.git
cd splitfp
chmod 755 splitfp
安装方法2
wget https://github.com/zxgsy520/splitfp/archive/v2.2.1.tar.gz
tar -zxvf v2.2.1.tar.gz
cd splitfp-2.2.1
chmod 755 splitfp
指示
usage: splitfp [-h] -r1 FILE [FILE ...] [-r2 FILE [FILE ...]] [-w FILE] [-n INT] [-o STR]
name:
splitfp.py Split a specific format for mu
2022-03-01 09:49:38
12.67MB
1
基因测序行业深度报告：未来大健康领域黄金赛道-申万宏源
2022-02-10 09:04:53
2.5MB
1
二代测序原理涉及RNA测序，RNA结构和RNA功能计算以及RNA数据分析处理的生物信息学方法。
2022-01-18 10:53:41
12.48MB
1
开重
作者： 彼得·门泽尔（Peter Menzel） 安德斯·克罗（Anders Krogh）
Kaiju是一个程序，用于从宏基因组DNA的全基因组测序中对高通量测序读段（例如Illumina或Roche / 454）进行分类分类。 使用NCBI分类法和来自微生物和病毒基因组的蛋白质序列参考数据库，将读物直接分配给分类单元。
该程序在描述 （开放访问）。
Kaiju可以在本地安装（请参阅下文），也可以通过。
有关所有版本的请参见的发行说明。
执照
版权所有（c）2015-2021 Peter Menzel和Anders Krogh
Kaiju是免费软件：您可以根据自由软件基金会发布的GNU通用公共许可的条款（许可的版本3）或（根据您的选择）任何更高版本来重新分发和/或修改它。
发行Kaiju的目的是希望它会有用，但不作任何担保； 甚至没有对适销性或特定用途适用性的暗示
2022-01-10 21:10:54
554KB
1
USEARCH_工作流
我用来通过 UPARSE 和 QIIME 处理原始 Illumina 扩增子测序数据的 shell 脚本。 这对我来说更像是一种在分析之间保持工作流程一致的方式 - 如果您发现这一点，我目前无法提供任何支持。
注意：该脚本在 2015 年 2 月 25 日发布静态版本，用于即将发布的版本。
2021-12-28 13:07:11
15KB
1
HTSlib是用于访问常见文件格式（例如的统一C库的实现，该文件格式用于高通量测序数据，并且是和使用的核心库。 HTSlib仅取决于 。 已知与gcc，g ++和clang兼容。
HTSlib实现了通用BAM索引，其文件扩展名为.csi （坐标排序的索引）。 HTSlib文件阅读器首先查找新索引，然后在缺少新索引的情况下查找旧索引。
该项目还包括流行的tabix索引器和bgzip压缩实用程序，该索引器同时对.tbi和.csi格式进行索引。
构建HTSlib
有关完整的详细信息，请参见 。 包含尚未提交到此存储库的生成文件，因此从Git存储库构建代码需要额外的步骤：
autoreconf -i # Build the configure script and install files it uses
./configure # Optional but recommende
2021-12-24 05:02:25
1.63MB
1
单细胞RNA-Seq分析
这个为期2天的课程将讨论从scRNA-seq实验获得的数据的计算分析。
贡献
我们欢迎您为改进本课程而做出的所有贡献！ 如果您在此过程中有任何疑问，疑虑或遇到任何困难，维护人员将竭尽所能为您提供帮助。
我们想请您熟悉我们的《 ，并查看有关正确格式，在本地呈现课程的方式，甚至如何编写新剧集的。
请参阅当前列表，以获取有关对此存储库做出贡献的想法。 为了做出您的贡献，我们使用GitHub流，这在一章中有很好的解释。
维护者
本课程的当前维护者是
作者
可以在“找到该课程的参与者列表
引文
要引用本课程，请向咨询
2021-12-13 20:19:11
1.58MB
1