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MolStart 是 Java 中的分子结构查看器和编辑器。 MolStart 读取 xyz、PDB、tinker、car 和 Gaussian 输入文件。 MolStart 还包括用于添加氢原子的蛋白质和 DNA 原子分型的力场参数。

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Chapter 4 Molecular Cloning Methods (2020)

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林德曼 lindemann是一个Python软件包，用于计算LAMMPS轨迹的Lindemann指数以及每帧温度斜坡的Lindemann指数的变化，以进行相变分析。 安装 它需要python 3.7 pip install lindemann 或与Poetry安装 poetry add lindemann 用法 lindemann [OPTIONS] TRJFILE 或与Poetry安装： poetry run [OPTIONS] TRJFILE 注意事项： 尽管有-t标志，但在运行任何标志之前，请确保您有足够的可用内存。您可以使用-m或--mem_use选项检查内存使用情况。带有轴的numpy.nanmean（）函数可用于numba时，将修复高内存使用情况。 多重处理： 如果您没有可用于分配工作负载的hpc环境，则在使用本地计算机的情况下，我添加了多处理来并行化任务。只需使用-

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分子动力学计划 简单的分子动力学程序可模拟与Lennard-Jones势能相互作用的粒子 编译符合fortran2008标准以支持execute_command_line函数调用。此调用允许程序创建输出目录。 代码编写于2016年我的研究生硕士课程中，可能不符合当前的Fortran标准 代码概述 获取粒子的初始坐标和其他参数 初始化整个主程序所需的任何其他变量，例如循环计数器，求和变量和物理属性变量。 计算的主循环，用于更新粒子的位置和速度。 在计算力之后，然后在Velocity Verlet算法中使用这些力来更新粒子的位置和速度。 输出感兴趣的数据，例如更新的坐标，然后可以在另一个程序中将其可视化。

Understanding Molecular simulation- From algorithms to application. By Daan Frenkel and Berend Smit