wgs全基因组序列比对流程
用到的软件
过程步骤
一. 下载准备需要的文件
下载参考序列基因组文件
1.建立索引
bwa index ref.fasta
完成之后 会看到几个ref.fasta为前缀的文件
为参考序列生成dict文件
gatk CreateSequenceDictionary -R ref.fasta -O ref.dict
samtools 建索引
samtools faidx ref.fasta
下载测序文件
fastaq-dump --split-files SRR*****
下载的文件是双末端测序从两端读的read1和read2
>> 用bgzip压缩
bgzip seq1_.fasta
bgzip seq2_.fasta
二.处理文件
将read比对到参考基因组
bwa mem -t 4 -R '@RG\tID:foo\tPL:illumina\tSM:
2022-10-07 09:31:29
37KB
HTML
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