使用链接单元算法，因此，计算成本与原子数呈线性关系。 可以选择激活周期性边界条件。 应该定义一个三次区域来生成邻居列表。 原子坐标只能是 3D 格式，作为行向量。 % [nebrTab, nebrLen] = md_neighlist_cube(x, nx, rc, srgdat, bctyp, frc)% % ------------------------------------------------- --------------------- % 为立方体 % 区域中的原子系统创建邻居列表% WZ。 单%------------------------------------------------- --------------- ％ 输入： % x : 原子坐标，[ px, py, pz] % nx : 数量。 原子数，= size( x, 1) % rc : 截止

关于分子动力学理论的基本介绍，平面波，赝势的构建，同时对第一性原理和密度泛函也作了相关介绍，是材料计算的初学者较好的学习资料。

分子动力学模拟软件lammps编程实例。

分子动力学经典教程 英文版 The_Art_of_Molecular_Dynamics_Simulation - - - D. C. RAPAPORT 剑桥大学出版社

采用结合双温方程的分子动力学方法，数值模拟脉宽为200 fs，能量密度为30~45 mJ/cm2 的超快激光与CuZr非晶合金的相互作用过程。模拟结果表明：超快激光作用下CuZr 非晶材料中原子加热速度比普通晶态金属慢得多；作用过程内部应力的演化表现为首先产生拉应力；并且随着温度与应力的演化，靶材内部产生空泡，空泡的平均大小和数目都与能量密度直接相关；靶材的烧蚀机制表现为机械破损，且烧蚀深度随着能量密度增大而增加。研究结果有助于更深入地理解飞秒激光与非晶合金相互作用机理。

分子动力学软件安装包，做分子动力学计算模拟用。大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作，一般来讲，分子动力学所涉及到的领域，LAMMPS代码也都涉及到了。

输入文本文件——均方根位移

单晶Cu纳米线单向拉伸和压缩的分子动力学模拟，袁林，张江伟，加工硬化现象普遍存在于金属塑性加工过程中。长久以来，这种现象一直吸引着人们的注意力。当在低温(T<0.3Tm)条件下施加应力时，加工

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matlab代码ab 什么是 AIMD_Toolkit AIMD_Toolkit 是一组用于处理 ab-initio 分子动力学轨迹的 Matlab 脚本。 当前功能 使用 AIMD_Toolkit，您可以 从 VASP 输出 XDATCAR 读取轨迹 使用 VESTA 可读的 CHG 格式创建核密度 引用 AIMD_Toolkit 如果您使用此代码，请引用以下论文 陆子恒等物理化学化学物理 17.48 (2015): 32547-32555。 卢子恒和弗朗西斯科·丘奇。 材料化学杂志 A 4.45（2016）：17740-17748。