wgs全基因组序列比对流程 用到的软件 过程步骤 一. 下载准备需要的文件 下载参考序列基因组文件 1.建立索引 bwa index ref.fasta 完成之后 会看到几个ref.fasta为前缀的文件 为参考序列生成dict文件 gatk CreateSequenceDictionary -R ref.fasta -O ref.dict samtools 建索引 samtools faidx ref.fasta 下载测序文件 fastaq-dump --split-files SRR***** 下载的文件是双末端测序从两端读的read1和read2 >> 用bgzip压缩 bgzip seq1_.fasta bgzip seq2_.fasta 二.处理文件 将read比对到参考基因组 bwa mem -t 4 -R '@RG\tID:foo\tPL:illumina\tSM:

第十二届蓝桥杯（2021年）javaB组第二场试题

表观基因组学生物导体 背景：我为名为“基因组数据科学的生物导体”的Coursera课程的第一个作业编写了名为“ HW1.R”的R脚本。 关于： R脚本使用AnnotationHub程序包获取有关人类CpG岛和组蛋白修饰（H3K4me3和H3K27me3）的数据。 R脚本使用GenomicRanges程序包通过执行以下操作来从数据中提取基本统计信息：按染色体分组范围，子集，相交，查找范围重叠，调整范围大小，创建列联表以及计算优势比。 软件： R版本4.0.4（2021-02-15）。 生物导体版本3.12。 AnnotationHub。 基因组范围。 rtracklayer。

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Transformer组会PPT

elfun18 是一组 Matlab 函数，可用于计算大量椭圆积分、Jacobi 椭圆函数和 Jacobi 实参 theta 函数。 该集合有两个级别：带有矩阵参数的高级函数和带有标量参数的低级函数。 每个函数都可以使用模数 k 或参数 m 作为参数。 在后一种情况下，函数名称以 m 开头。 不完全椭圆积分以 Jacobi 形式、Legendre 形式和 Jacobi 的第二形式（Epsilon 函数和 Lambda 函数）给出。 功能列表： 椭圆积分： - Bulirsch 的椭圆积分：cel、cel1、cel2、cel3、el1、el2、el3 - 卡尔森椭圆积分：rc, rd, rf, rg, rj - 完全椭圆积分：B、C、D、K、E、Pi - 互补完全椭圆积分：K', E', Pi' - 椭圆积分的雅可比形式：B、D、E、F、Pi - 椭圆积分的勒让德形式：B、D、E、F、Pi

(2) 应用案例 报告共收集工业企业应用案例206个，基本覆盖全工业领域（图12所示），其 中86%的应用案例集中于机械制造、能源（电力热力燃气及水生产和供应业）、 轻工、石化、电子等五个工业领域。

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