基于python的分子动力学模拟程序编写及应用.pdf

计算物理学 实施至今 经典散射 - 需要更正代码以修复理论值和模拟值之间的差异。 在 1d 和 2d 中创建模型——用 C/C++ 实现，然后是使用 MPI 的实现。 使用速度 verlet 算法的分子动力学——需要校正径向分布函数以考虑恒定的 bin 大小，而不是将其留给 matplotlib.pyplot.hist——更正并行化实现以测量力 使用蒙特卡罗的NVT硬球——修正径向分布函数 使用蒙特卡罗的 NVT 和 NPT -- 校正径向分布函数 -- 更正并行执行以测量力 RK2 和 RK4 研究简谐振子——参考讲义，关于自适应步长 RK 的 Runge-Kutta-Fehlberg 方法 自适应步长 rk 方法 - 步长减半法和步长缩放 RK-Fehlberg 方法 实施 量子散射 使用RK4、耦合谐波振荡器和n耦合谐波振荡器的非谐振荡器 unbrella 采样和聚合物的自由能

分子动力学计划 简单的分子动力学程序可模拟与Lennard-Jones势能相互作用的粒子 编译符合fortran2008标准以支持execute_command_line函数调用。此调用允许程序创建输出目录。 代码编写于2016年我的研究生硕士课程中，可能不符合当前的Fortran标准 代码概述 获取粒子的初始坐标和其他参数 初始化整个主程序所需的任何其他变量，例如循环计数器，求和变量和物理属性变量。 计算的主循环，用于更新粒子的位置和速度。 在计算力之后，然后在Velocity Verlet算法中使用这些力来更新粒子的位置和速度。 输出感兴趣的数据，例如更新的坐标，然后可以在另一个程序中将其可视化。

DL_POLY分子动力学模拟软件包

分子动力学模拟免费开源软件

NAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD用经验力场，如Amber，CHARMM和Dreiding，通过数值求解运动方程计算原子轨迹。[1] 　　1. 软件所能模拟的体系的尺度，如微观，介观或跨尺度等 　　微观。 　　是众多md 软件中并行处理最好的，可以支持几千个cpu 运算。在单机上速度也很快。 　　模拟体系常为为10,000-1,000,000 个原子。 　　2. 软件所属的类型，如MD，DPD，DFT，MC，量化，或交叉等 　　全原子md，有文献上也用它做过cgmd。 　　3. 软件能研究的相关领域，使用者的背景最好是？ 　　使用的力场有charmm,x-plor,amber 等，适合模拟蛋白质，核酸，细胞膜等体系。 　　也可进行团簇和CNT 系统的模拟 　　软件原理经典，操作简单。但需要对体系的性质足够了解。 　　4. 软件中主要涉及的理论方法范畴 　　经典的md，以及用多种方法计算自由能和SMD模拟。 　　数据分析时候一般很少涉及复杂的热力学和统计热力学的原理，但知道一些最好。 　　5.软件主要包含的处理工具 　　namd 是计算部分，本身不能建模和数据分析（unix 的哲学kiss）。但vmd 同namd 系出同门，已同namd 实现无逢链接。

分子动力学键角分析后处理软件

AMBER分子动力学模拟软件（AMBER18, AMBER19) AMBER是著名的老牌开源分子动力学模拟软件，最新版本是AMBER19（但是19版本的并行模拟模块还没公布，只有AmberTools19）如果需要并行计算可以下载编译18版本 由于AMBER国外网站下载非常不稳定，经常掉线，并且每次掉线以后又需要重头下载，非常折腾人，故分享此百度云盘链接给需要的同学们。

粒子模拟 我的分子动力学数值模拟结果

使用分子动力学方法计算了Mo、Si原子发生反射和再溅射的概率,以及原子的反射、再溅射角度和能量分布。考虑了四种碰撞:Mo原子与Mo基底碰撞、Mo原子与Si基底碰撞、Si原子与Si基底碰撞、Si原子与Mo基底碰撞。模拟发现,当沉积原子传递给基底的能量降低时,发生反射的概率增加,但是发生再溅射的概率降低。此外,入射角度对反射概率、再溅射概率的影响与沉积原子和基底原子的种类有关;然而,入射能量越高越容易发生反射、再溅射。最后,进行了磁控溅射实验,在具有不同倾斜角度的基底上制备了Mo/Si多层膜样片,实验结论验证了仿真结果。研究结果可以用于模拟磁控溅射镀膜过程,优化镀膜工艺。