在IT领域，尤其是在生物信息学和数据科学中，微生物共现网络分析是一种常见的研究方法，用于探索微生物群落之间的相互关系。在这个特定的案例中，我们关注的是如何使用R语言来实现微生物共现网络的可视化，特别强调了按模块进行的圆形布局。以下是关于这个主题的详细知识点： 1. **微生物共现网络**：微生物共现网络是一种复杂网络，其中的节点代表不同的微生物种群，边表示这些种群之间在特定环境或条件下共同出现的概率或者关联强度。这种网络可以帮助科学家识别微生物群落中的关键物种和潜在的相互作用。 2. **模块划分**：在微生物共现网络中，模块（也称为社团）是指网络中紧密连接的一组节点，它们内部的连接比与其他模块的连接更为频繁。模块分析有助于发现网络内的结构，揭示微生物群落的功能单元和潜在的生态功能。 3. **模块大小排序与着色**：对模块进行大小排序后，可以突出显示网络中的主要模块，将较小或次要的模块归为“其他”。通过着色，我们可以更直观地看出哪些模块在网络中占据主导地位，以及它们与其他模块的关系。 4. **圆形布局**：圆形布局是一种常见的网络布局策略，它将节点分布在圆周上，根据节点间的连接关系调整它们的位置。这种方法易于视觉理解，尤其适用于展示模块结构，因为可以清晰地看到不同模块在圆形空间中的相对位置。 5. **ggraph包**：在R语言中，`ggraph`是ggplot2生态系统的一部分，专门用于图形网络的绘制。它提供了丰富的图形定制选项，包括节点形状、大小、颜色、边的样式等，使得网络可视化既具有科学性又具有美观性。 6. **网络布局与可视化**：网络图的布局不仅仅关乎美观，更重要的是帮助研究人员解读数据。圆形布局能够有效地展现网络的模块结构，同时避免了密集网络可能导致的视觉混乱。利用ggraph，我们可以轻松地调整布局参数，如节点间距、旋转角度等，以优化视觉效果。 7. **节点与边的可视化**：节点通常代表微生物，其大小和颜色可以根据节点的属性（如丰度、富集度等）来调整；边则代表微生物之间的共现关系，线宽或颜色可以反映关联强度。通过这些视觉元素，我们可以快速洞察微生物群落的结构特征。 微生物共现网络的可视化是一个结合了数据分析、图形理论和生物信息学的综合过程。R语言和ggraph工具提供了一种有效的方法来理解和呈现这些复杂的网络关系，对于理解和解析微生物生态系统的动态具有重要的科学价值。

前寒武纪生态系以微生物的繁盛为特征,以叠层石和微生物成因沉积构造的大量发育为标志.后生动物及其遗迹化石出现在新元古代"雪球事件"之后,并与微生物席组成"埃迪卡拉花园".新元古代的海底以发育完好的微生物席底和微弱的垂向生物扰动为特征,沉积物含水量低、沉积物-水界面平滑稳定;到寒武纪,由于垂向生物扰动的大量增加,微生物席底逐渐衰弱,"显生宙式"的海底沉积物含水量高、上下层沉积物易于混合和悬浮、沉积物-水界面模糊.自寒武纪开始,随着后生动物活动在浅海环境中不断地增多,遗迹化石习性类型趋于多样化和复杂化,微生物席底开始向较深的陆架乃至深海迁移并逐渐消亡.

亚马逊地区许多农民实施的刀耕火种栽培系统导致养分的生物地球化学循环发生变化。 为了评估轮作对该地区洪泛区部分土壤的影响程度，对原始森林（FP）下次生森林（FP）下的Inceptisol表层（0-5 cm）样品进行了评估（FS） ），原始森林恢复（CAP），农林业（SAF），土著社区和小农户的人工林（R？）以及亚马逊地区上索利姆斯地区的牧场（PAS）进行了分析2007年雨季（五月）和旱季（十月）的化学成分。土壤肥沃，P，K，Ca和Mg含量高于亚马逊土壤中常见的含量。 在雨季研究的系统中，微生物含量没有显着变化，但随着季节的变化，土壤微生物含量降低了60％左右，但SAF土壤除外。 在所有研究的系统和季节中，氨氮都是主要的。 R中的硝酸盐含量较高？ 土壤，两个季节，PAS较低。 农民在该地区的土著农林业系统中采用的管理方式导致磷，钾，镁，MBC和矿质氮的含量发生微小变化，而与土壤水分无关。

微生物 使用dada2和phyloseq进行微生物群落分析的R包 微生物是使用dada2和phyloseq进行微生物群落分析的R软件包，该软件包旨在通过提供简单的功能来分析和可视化16S rRNA数据来增强R中可用的统计分析程序。用法和依赖关系。 1.数据格式/要求 要使用该软件包，用户可以从准备好样品信息的原始fastq文件开始，或者用户可以从包含分类群丰度信息，分类法分配，样品数据的phyloseq对象（phloseq类）开始，样品数据是所测量的环境变量与任何其他参数的组合样本中存在分类变量。 如果系统发育树可用，它也可以成为其中的一部分，但与到目前为止实现的大多数功能无关。 我们选择使用这种格式是因为随着分析和可视化的进行，我们有很多处理数据的选项。用户可以转到检查phyloseq对象的详细格式。 2示例数据 physeq数据是每个样品中数百万个序列的深度处的16S rRNA多样

芝麻种植对布基纳法索的经济具有战略意义。 的确，芝麻是仅次于棉花的第二大重要农产品。 但是，其生产受到植物病害和害虫侵袭的限制。 面对这种情况，大量农药被用来提高生产率。 但是，这些化学物质对土壤肥力有负面影响。 在这种情况下，研究了在农民环境中，在堆肥的情况下，在堆肥的存在下，Supraxone和Lambda-super对土壤微生物活性的影响。 实验设计是一个Fisher块（BCR），将未经处理的包裹（TNT）与仅用堆肥（C）修改过的包裹和用堆肥修改并用农药（C + P）处理过的包裹进行了比较。 在播种后第41天和第81天播种前，在0-20 cm深度处采集土壤样品。 分别通过呼吸测定和熏蒸培养法监测呼吸活性和土壤微生物量。 结果表明，在有或没有supraxone处理和Lambda-super处理的情况下，向土壤中添加堆肥会导致微生物生物量和土壤呼吸商的增加。 这些结果表明，提供足够量的堆肥可纠正农药对土壤生物活性的抑制作用。

不同施氮水平下蚕豆/玉米间作对氨氧化微生物的影响，王颖，范分良，在不同施氮量条件下，通过末端限制性片段长度分析（T-FRLP）的方法研究了蚕豆/玉米间作和作物根系对氨氧化细菌和氨氧化古菌群落结�

使用磷脂脂肪酸（PLFA）分析和实时定量PCR研究小麦/蚕豆间作对根际土壤微生物群落以及氨氧化古细菌（AOA）和细菌的氨单加氧酶（amoA）基因丰度的影响（AOB）在收获阶段通过在红壤中进行的田间试验。 我们发现，收获时间作作物和单作作物之间的根际上，蚕豆和小麦的放线菌的细菌和真菌之间存在显着差异（p <0.05）。 在根际收获期共检测到37种PLFA，包括31种细菌PLFA，3种真菌PLFA和3种放线菌PLFA。 与单作蚕豆的根际相比，农作物间作时收获期的AOB丰度较低，而单作和间作的小麦的根际AOB丰度没有显着差异。 单作和间作的根际之间的AOA丰度没有显着差异，但在间作系统中发现了更高的AOA丰度。 间作后，根际AOB的丰度明显高于AOA。 我们的发现表明，小麦-蚕豆间作可能改变根际的微环境和微生物群落结构。

内源蛋白酶和微生物对冷藏河豚鱼质构软化的作用研究 ，杨静，葛黎红，为探究冷藏过程中河豚鱼质构软化的机制，明确内源蛋白酶和微生物对质构软化的作用，对冷藏（4 ℃）河豚鱼的质构及蛋白降解情况进�

随着现代医疗的崛起，高科技发展的生态进化，一大部分的优秀的软件涌现出来，为医疗行业极大提高质与量的卓越贡献。 快速、易用、智能、成熟、高效、全面

微生物组：微生物组R包