细菌生物膜是嵌入在细胞外聚合物（EPS）自身产生的基质中的细菌聚集体，可引起持续的细菌感染，对医学造成重大挑战。 它们对抗生素和宿主防御系统具有顽固性，这使治疗困难且成本高昂。 发现青霉青霉突变体EU2D-21在水下发酵下会产生细胞外酶复合物（淀粉酶，纤维素酶，蛋白酶）。 在30°C下孵育8天后，发现α-淀粉酶，纤维素酶和蛋白酶的最大比酶活性分别为3.04 IU / mg，2.61 IU / mg和3.39 IU / mg。 我们评估了酶复合物靶向和降解不同细菌生物膜的能力。 我们发现它在50°C孵育1小时内降解了大肠杆菌（85.5％），肠炎沙门氏菌（79.72％），铜绿假单胞菌（88.76％）和金黄色葡萄球菌（87.42％）的生物膜。 扫描电子显微镜（SEM），生物膜去除测定和结晶紫测定的定量证明了该酶复合物从细胞表面分离了生物膜外多糖基质和细菌。 这些结果说明了使用这种酶复合物作为抗生物膜治疗剂来根除生物膜的可行性和益处。 这也可以用作改善多药耐药细菌感染治疗的有前途的策略。

### 16SrDNA序列与细菌系统发育树构建：理论与实践 #### 一、基础知识概览 **系统发育学**是生物学的一个分支，主要研究生物种类之间的进化关系，通过构建系统发育树来展示不同物种的亲缘关系。在微生物领域，**16SrDNA序列分析**成为了一种关键的技术手段，用于细菌的分类与进化关系的研究。 **BLAST**（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于序列比对的工具，能够帮助研究人员在大量数据库中寻找与目标序列相似的序列，是构建系统发育树的重要前期工作之一。 **模式种（type strain）**是指在一个细菌种内被指定为代表该种特征的特定菌株，通常用于定义和比较同一物种的不同菌株。 #### 二、实验原理与方法 **实验目的**：通过16SrDNA序列分析，掌握构建细菌系统发育树的原理和方法，了解不同细菌之间的进化关系。 **实验内容**：运用PHYLIP和CLUSTALX软件，基于16SrDNA序列构建细菌的进化树。 **材料和方法**： - **16SrDNA基因序列**：从NCBI数据库中获取与目标菌株亲缘关系相近的序列。 - **NCBI BLAST**：用于序列比对，筛选与目标菌株有较近亲缘关系的模式种序列。 - **CLUSTALX软件**：进行多序列比对，为构建系统发育树提供基础数据。 - **PHYLIP软件**：用于推导基于序列比对结果的进化树。 #### 三、实验步骤详解 1. **序列获取与初步处理**：从NCBI数据库中下载与目标菌株亲缘关系较近的序列，使用记事本保存为dna.seq文件格式。 2. **多序列比对**：利用CLUSTALX软件对下载的DNA序列进行多序列比对，结果保存为PHYLIP格式的DNA.phy文件。 3. **进化树构建**： - 使用seqboot.exe生成多个随机序列集。 - dnadist.exe计算序列间的距离矩阵。 - neighbor.exe基于距离矩阵构建邻接树。 - consense.exe整合所有邻接树，得到共识树。 - drawtree.exe和drawgram.exe用于可视化共识树，生成Tree Preview图。 #### 四、数据分析与讨论 **应用16SrDNA进行系统发育学分析的优点**： - **高保守性**：16SrDNA序列在细菌中高度保守，但其某些区域的变异可用于区分不同的细菌种类。 - **广泛适用性**：适用于几乎所有的细菌种类，是细菌分类和进化研究的通用工具。 - **数据可比性**：全球范围内的研究者可以共享16SrDNA序列数据，便于跨实验室和跨国界的数据对比和交流。 **思考与拓展**： 尝试使用其他序列比对和进化树构建软件，如MUSCLE、MAFFT和RAxML，比较不同软件在处理相同数据时结果的差异，深入理解不同算法对系统发育树构建的影响。 通过本次实验，不仅掌握了16SrDNA序列分析的基本流程，还深入了解了细菌系统发育学的理论与实践，为进一步研究细菌进化关系和微生物多样性奠定了坚实的基础。

BPPRC 2021 用于 GitHub 操作的 BPPRC 数据库存储库 杀虫蛋白数据库是正在开发的细菌杀虫蛋白资源中心 (BPPRC) 的一部分。 该数据库旨在替换和扩展当前的。 该数据库目前包含在 Bt 命名法站点中列出的蛋白质，但具有新的助记符以反映蛋白质对不同同源组的分配。 将添加具有杀虫特性的新细菌衍生蛋白质。 除了数据库之外，BPPRC 还将包含指向有关这些蛋白质的其他信息的链接，以及允许分析和比较蛋白质的应用程序。 开发团队由以下人员组成： Suresh Pannerselvam 1 , Neil Crickmore 2 , Colin Berry 3 , Thomas Connor 3 , Ruchir Mishra 1和 Bryony C. Bonning 1 1美国佛罗里达大学昆虫学和线虫学系2英国苏塞克斯大学生命科学学院3学院英国卡迪夫大学生物科学系 这是

细菌cyclic di-AMP的信号调控，徐欣，彭显，c-di-AMP(cyclic diadenosine monophosphate)是在细菌中新发现的一种第二信使分子，参与调节细菌多种生理功能，包括细菌的生长、细胞壁的代谢平

生物肥料可以定义为含有微生物的制剂，该微生物能够固定氮（N）和促进植物生长的磷酸盐增溶作用。 这些被归类为促进植物生长的细菌（PGPB）的微生物群体定居在根际和土壤中。 在这项工作中，液体生物肥料是由橙，香蕉和葡萄，小麦和稻壳，辣木叶子，土壤和红糖（作为碳源）与水混合并在厌氧条件下培养两周而制得的。 筛分的培养物在室温下储存在密闭的PVC容器中，用于微生物种群的生化分析。 分别使用阿什比的甘露醇Azotobacter培养基和Pisvikoya的PSB培养基分离固氮细菌（Azotobacter sp。）和磷溶解细菌，而芽孢杆菌Bacillus sp。 用芽孢杆菌琼脂分离。 进行了田间试验，研究了生物肥料相对于氮/磷/钾（NPK）化肥的性能以及对照对玉米（Zea mays）生长的影响。 实验设计包括生物肥料，化学肥料（NPK）和对照的三种处理，一式三份。 使用单向方差分析以P <0.05分析收集的数据。 结果表明，与用NPK和对照处理的生物肥料相比，施用生物肥料的玉米的生长和产量有了显着改善。 用生物肥料处理过的植物没有表现出昆虫侵袭的迹象，在用NPK和对照处理过的叶片上很容易观察到昆虫侵

泻肝补肾法对慢性细菌性前列腺炎前列腺组织TNF-α、IL-1βmRNA表达的影响，赵乔，周安方，目的: 观察慢性细菌性模型组大鼠前列腺组织中TNF-α、IL-1βmRNA的表达及泻肝补肾法对它们的影响。方法: 对45只3月龄雄性wistar大鼠行前列�

细菌不饱和脂肪酸合成代谢研究进展，余永红，马建荣，与真核生物脂肪酸合成途径不同，细菌采用II型脂肪酸合成代谢途径。本文综述了细菌不饱和脂肪酸合成代谢在不同菌体中的多样性，以�

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hog特征提取matlab代码BacteriaImageProcess 这是为了我们的项目：分割细菌图像并识别该图像中的细菌种类。 从本质上讲，这是对细菌数据的深度学习应用程序。 我们在matlab中实现了卷积RBM，以完成我们的任务。 cdbn-github是使用卷积RBM进行无监督特征学习的代码，我们使用GMM / BMM进行初始化，这可以缩短训练过程。 在特征提取之后，我们利用liblinear工具箱进行监督分类。 我们项目的第一部分在cdbn文件夹中，在其中展开了所有代码，包括我编写的CRBM代码。 编写GMM来初始化第一层，使用BMM来进行第二层的初始化。 （请注意，初始化非常重要，有关更多详细信息，请参阅Sohn等人的论文：“有效学习稀疏，分布式，卷积特征表示以进行对象识别。” Aslo，要训练卷积深度信念网络，您可以进行分层预训练，这意味着首先训练第一层，训练后冻结第一层的参数，然后训练第二层....） 在第二部分中，我们尝试识别此图像中的细菌种类，因此我们手动标记前景斑块，并将其标记为17类，因为一些毗邻的斑块涉及物种和背景，因此我们也将它们考虑在内，因此，共有18个课

水体常见8类微生物（显微+动画图片）数据集（这是变形虫、草履虫、细菌、水螅等微生物的图像数据） 水体常见8类微生物（显微+动画图片）数据集（这是变形虫、草履虫、细菌、水螅等微生物的图像数据） 水体常见8类微生物（显微+动画图片）数据集（这是变形虫、草履虫、细菌、水螅等微生物的图像数据）