瓦吉诺 用于全基因组测序数据和大型SNP数据库的Fase SNP基因分型工具。 从Bioconda安装 可以使用命令conda install vargeno从Bioconda conda install vargeno 。 请转到以获取有关Bioconda的更多信息。 如果您尚未 ,则可以 。 快速使用 VarGeno作为输入: FASTA文件格式的参考基因组序列。 以VCF文件格式进行基因分型的SNP列表。 以FASTQ文件格式从供体基因组测序测序。 在对个体进行基因分型之前,必须使用以下命令为参考和SNP列表构建索引: vargeno index ref.fa snp.vc
2021-11-06 12:07:32 21.67MB bioinformatics snps algorithms computational-biology
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Developing Bioinformatics Computer Skills的中文版,可以对生物信息学有个大致的了解,但是说实话,不太适合入门。
2021-11-03 14:13:16 17.87MB 生物信息学 bio
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GaussDCA.jl:用于蛋白质家族中残基接触预测的多元高斯直接耦合分析-Julia模块
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MSFragger MSFragger是用于基于质谱的蛋白质组学中肽段鉴定的超快速数据库搜索工具。 它在各种数据集和应用程序中均表现出出色的性能。 MSFragger适用于标准shot弹枪蛋白质组学分析以及大型数据集(包括timsTOF PASEF数据),酶无限制搜索(例如肽组),“开放式”数据库搜索(即前体质量耐受性设置为数百道尔顿),用于鉴定修饰的肽, MSFragger Glyco模式鉴定糖肽(N链和O链)。 MSFragger用跨平台的Java编程语言实现,可以使用三种不同的方式: 使用 GUI(图形用户界面)。 通过 作为独立的Java可执行文件(JAR) MSFragger以表格或pepXML格式编写输出,使其与下游数据分析管道(如跨蛋白质组学管道和完全兼容。 请参阅,包括的列表。 示例参数文件可在找到。 支持的乐器和文件格式 mzML / mzXML :可以使用来
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生物信息学:序列和基因组分析英文版.Bioinformatics
2021-10-14 19:06:28 8.55MB 生物信息学 序列 基因组 bioinformatics
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蛋白质-配体相互作用分析仪(PLIP) 轻松分析3D结构中的非共价蛋白-配体相互作用。 用例 码头工人 奇点 Python模块 “我想分析我的蛋白质-配体复合物!” :check_mark: :check_mark: :yellow_circle: :cross_mark: “我想分析十亿个蛋白质-配体复合物!” :cross_mark: :yellow_circle: :check_mark: :yellow_circle: “我喜欢Linux命令行,并希望围绕PLIP构建工作流程!” :cross_mark: :check_mark: :check_mark: :yellow_circle: “我是一名Python程序员,想在我的项目中使用PLIP!” :cross_mark: :yellow_circle: :yellow_circle: :check_mark: 快速开始 码头工人 如果已安装Docker,则可以使用以下shell命令对结构1vsn运行PLIP分析: 在Linux / MacOS上:
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本书是指导生物信息学家如何去编程,是Perl语言与生物信息学的结合,方便从事生物信息学工作者去学习编程,零基础入门。
2021-10-07 20:49:00 3.04MB 中文版 生物信息学 perl语言
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DGL-LifeSci | 我们还有一个闲聊的渠道,可以进行实时讨论。 如果您想加入该频道,请联系 。 介绍 在过去的几年中,在图上进行深度学习已成为一种趋势。 生命科学中有很多图,例如分子图和生物网络,使其成为在图上应用深度学习的重要领域。 DGL-LifeSci是基于DGL的软件包,可用于具有图神经网络的生命科学中的各种应用程序。 我们提供各种功能,包括但不限于用于图形构造,特征化和评估的方法,模型架构,训练脚本和预训练模型。 有关社区贡献者的列表,请参见。 有关在DGL-LifeSci中实现的工作的完整列表,请参见。 安装 要求 DGL-LifeSci应该致力于 所有Linux发行版均不早于Ubuntu 16.04 macOS X Windows 10 DGL-LifeSci需要python 3.6 +,DGL 0.5.2+和PyTorch 1.5.0+。 此外,对
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论文Graph neural representational learning of RNA secondary structures for predicting RNA-protein interactions中实验所用数据集,想要复现论文的同学可以进行下载
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ccle-2019-分析 最新的《癌细胞系百科全书》(CCLE)v2论文中的计算分析演练,该论文于2019年5月在《。 另请参阅和相关。
2021-08-24 15:24:29 20.35MB data-science bioinformatics genomics cancer
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