内容概要：本文档是生信帮提供的Hi-C互作分析培训资料，详细介绍了Hi-C数据分析的全流程，包括质控、AB鉴定、TAD鉴定和Loop鉴定。Hi-C质控部分主要描述了HiC-Pro工具的使用，涵盖从测序数据（FASTQ文件）到交互矩阵的生成过程，包括两步对齐策略、数据过滤和有效对保存。AB鉴定部分介绍了通过计算Hi-C矩阵的PCA特征向量来识别A/B区室的方法。TAD鉴定部分描述了使用TAD-separation score度量来确定TAD边界，并生成多个输出文件以供后续分析。Loop鉴定部分则介绍了如何将原始矩阵转换为校正矩阵，并使用hicDetectLoops工具进行loop检测。 适合人群：具备生物信息学基础知识，特别是对基因组三维结构研究感兴趣的科研人员和研究生。 使用场景及目标：①掌握Hi-C数据分析的基本流程，包括数据预处理、质控和下游分析；②学会使用HiC-Pro、hicPCA、hicFindTADs和hicDetectLoops等工具进行具体操作；③理解Hi-C数据分析中的关键概念和技术细节，如有效对筛选、PCA特征向量计算、TAD分离得分和loop检测。 阅读建议：此资源详细介绍了Hi-C数据分析的具体步骤和工具使用方法，建议读者在学习过程中结合实际数据进行练习，并仔细阅读每个工具的参数说明，确保理解各个步骤的意义和作用。同时，建议读者关注数据质量控制，合理设置参数以提高分析结果的可靠性。

路径映射器 PathwayMapper是一个基于网络的途径管理工具，用于交互式创建，编辑和共享癌症途径。 该工具支持远程用户使用进行协作并同时修改路径， 具有作为组件实现的内置冲突解决方案。 构建了特殊的ViewwayMapper查看器版本，以在cBioPortal中使用（ ，）。 以下是有关PathwayMapper基础的视频教程： 如何引用用法 Bahceci等。 （2017）“ ”，生物信息学。 反馈 请将任何反馈和错误报告发送至 。 软件 PathwayMapper是根据。 可以在此处找到示例部署。 运行本地实例 为了部署和运行该工具的本地实例，请按照以下步骤操作： 首先，将PathwayMapper克隆到本地计算机，然后导航到本地存储库： 安装 git clone https://github.com/iVis-at-Bilkent/pathway-mapper.gi

5.4 高压直流换流站仿真 这个例子阐述了如何创建一个6脉冲可控硅整流桥式电路，及在ATPDraw中当作独立对象被使用。 然后，说明如何生成必需的数据模块文件及ATPDraw中的必要操作。最后给出实例（Exa_6.cir），说明 如何利用6脉冲可控硅整流桥式电路及变压器建立12脉冲高压直流换流站。 5.4.1 创建数据模块文件 第一步是创建数据模块（DBM）文件，数据模块文件是特定电路的ATP文件，其标题为数据模块 中变量的声明。ATP Rule Book【3】第XIX-F章详细介绍了如何创建该文件。DBM文件实际上可认为是 最终ATP文件的外部程序。创建DBM文件是增加新对象到ATPDraw中最困难的部分。下面是描述6脉冲 整流桥式电路的DBM文件（基于参考文献【2】中习题54）： - 101 -

图5.37 ATP模拟结果 5.8 变压器涌入电流的模拟 本例说明如何建立控制开关的ATP输入文件，用于充分降低大容量变压器的涌入电流的研究。 该研究中，变压器绕组和磁化电抗的非线性行为之间的磁耦合是主要的影响因素，所以必须准确的 研究它们。用带三相对称非线性电感的BCTRAN模型来模拟研究的三相三绕组、低磁阻变压器。由于 这两个元件不是标准ATPDraw对象，所以采用用户自定义的BCTRAN模型，特别使用标准Type-93非线 性电感元件描述磁心材料的磁滞曲线。 本一章节解释如何在ATPDraw电路中建立BCTRAN模型，给出实例说明新对象的用法（Exa_10.cir）。 5.8.1 建立用户自定义的BCTRAN对象 支持程序BCTRAN可以为单相或者三相、两到三或多绕组的变压器建立线性表达式，采用励磁测 试和短路测试得到的数据。BCTRAN模型没有非线性特性，但是将Type-93或Type-96（饱和或者磁滞） 元件与最靠近磁心的绕组相连后，就需要考虑其非线性特性。 BCTRAN模型采用的实验数据可从变压器制造商处获得。 - 136 -

用Perl编写的生物信息学工具 这里的大多数脚本是在我从事不同项目时编写的，我认为这对其他人将很有用，并且可以根据需要进行扩展/修改。 IO ::常规 脚本使用自定义 Perl模块。 请通过浏览目录查看安装说明。 如果要安装lncRNApipe Pipeline，则会自动安装IO::Routine模块。 需要Bio::SeqIO模块已安装且可用。 nc lncRNA管道 从头开始提取推定的新型lncRNA的管道，其中提供了从深度测序数据（例如：RNA-Seq）和注释数据组装而成的GTF格式的转录本列表。 转到目录以获取脚本列表。 安装lncRNApipe及其所有依赖项（Mac和

Mastering Python for Bioinformatics_

不同物种酪氨酸酶相关蛋白1（TYRP1）基因的生物信息学分析，郑会芹，李祥龙，酪氨酸酶相关蛋白1（TYRP1）是酪氨酸酶家族的一个成员，不仅参与黑素生成，并且可以抑制黑素细胞的死亡，稳定酪氨酸酶活性和有助于

乌根 下载UGENE： ://ugeneunipro.github.io/ugene/ 建筑UGENE 先决条件 确保已安装Qt（> = 5.4.2和<= 5.15）开发库： 我们强烈建议您使用Qt在线安装程序将Qt安装到任何操作系统上。 这是Windows和macOS操作系统（也适用于Linux）的主要方式。 要安装Qt，请从Qt官方网站（ ）下载在线安装程序。 确保已安装以下组件： Qt Prebuild组件 Qt脚本 安装Qt的其他选项： Ubuntu> = 14.04：`sudo apt-get install qt5-default qttools5-dev-tools qtscript5-dev libqt5svg5-dev Ubuntu 12.04： 下载并安装Qt 5.5.1： 设置系统变量：export PATH = $ PATH：〜/ Qt5.5.1 / 5.5 / gcc_64 / bin sudo apt-get install g++ libgl1-mesa-dev libglu1-mesa-dev Fedora： sudo yum ins

该书从基因、RNA、蛋白质、表观遗传学四个方面介绍计算生物学和生物信息学知识、案例。作者是Ka-Chun Wong。该电子书文字可复制。

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