AutoDock 4.2 是一款广泛应用的分子对接软件，它在生物信息学、药物设计以及化学计算领域扮演着重要角色。这款工具主要用于预测小分子如何与大分子，尤其是蛋白质，进行非共价结合，这对于理解生物功能、药物发现以及新化合物设计具有重要意义。 官方使用教程的中文版由Bioms小组翻译，为中文用户提供了详尽的指导，帮助用户理解和掌握AutoDock 4.2的操作流程。教程内容通常包括以下几个核心部分： 1. **软件安装与配置**：介绍如何下载AutoDock 4.2及其配套软件，如AutoGrid和AutoDockTools，并指导用户进行系统设置，确保软件能在用户的工作环境中正常运行。 2. **分子准备**：讲解如何处理蛋白质和小分子结构文件，包括从PDB数据库获取结构、添加氢原子、电荷分配、水分子去除等步骤。此外，还可能涉及使用AutoDockTools进行结构预处理。 3. **网格参数设置**：在对接过程中，AutoDock需要一个三维的网格空间来搜索小分子的可能结合位置。用户需要设置网格参数，如网格大小、步长和中心点坐标，以覆盖蛋白质可能的结合位点。 4. **参数文件制作**：包括小分子的pdbqt文件和实验设置文件（.pd file），其中包含了分子的属性信息和对接过程中的参数，如搜索范围、步长、搜索步数等。 5. **运行AutoDock**：教程会解释如何通过命令行或图形界面启动AutoDock，以及如何监控和记录对接过程。 6. **结果分析**：对接完成后，会生成一系列的输出文件，包括每一步的构象、能量值等。教程会教用户如何解析这些文件，找出最可能的结合模式，通常通过查看最低能量的构象。 7. **实例分析**：教程可能包含实际的蛋白质-配体对接案例，让读者能跟随步骤一步步操作，加深对软件使用的理解。 8. **常见问题与解决策略**：提供常见错误的诊断和解决方案，帮助用户解决在使用过程中可能遇到的问题。 9. **高级技巧与进阶应用**：可能会涵盖如何优化参数以提高预测精度、进行多目标对接或者大规模虚拟筛选等高级话题。 通过学习这个中文版的官方教程，信息工程领域的研究人员和学生能够熟练掌握AutoDock 4.2，进而运用到药物设计、蛋白质结构研究等实际项目中，进行高效、准确的分子对接模拟。这个工具的掌握不仅有助于科研工作，也为药物开发和生物技术产业提供了强大的计算支持。

【Autodock Vina批量分子对接】 分子对接是生物计算领域中的一个重要技术，它用于预测小分子（如药物候选物）如何与大分子（如蛋白质）结合，这对于药物设计和发现至关重要。Autodock Vina是一款高效且用户友好的分子对接软件，能够自动寻找最优的配体-受体复合物构象，评估其结合亲和力。 在Ubuntu 18.04上安装Autodock Vina和相关的工具包，首先需要确保系统是最新的，通过`sudo apt-get update`更新包列表，然后安装一系列必要的依赖项，包括图形库、Python库等。接着，下载Autodock Vina和MGLTools。MGLTools是Autodock的一套辅助工具，包含了用于处理分子数据的多种程序。 创建一个目录来存放这些软件，并按照以下步骤安装： 1. 安装Open Babel，这是一个多格式的化学转换工具，可以用来处理不同的分子文件格式。 2. 解压并安装Autodock Vina的二进制文件。 3. 安装MGLTools，运行安装脚本`python install.py`进行安装。 4. 修改vina.sh脚本，设置环境变量，确保Autodock Vina和MGLTools的路径被添加到PATH中。 5. 使用prepare_receptor4.py和prepare_ligand4.py脚本预处理受体和配体分子，将其转化为Autodock Vina可读的格式。 6. 使用vina执行分子对接任务，通过配置文件conf.txt控制参数，如CPU数量、搜索空间等。 7. 输出结果通常为pdbqt格式，可以进一步转化为其他格式如sdf，便于后续分析。 【Slurm调度器】 Slurm（Simple Linux Utility for Resource Management）是一种广泛使用的集群作业调度系统，尤其适合高性能计算环境。在安装配置Slurm时，首先需要安装必要的库文件，包括munge服务，用于提供安全的身份验证。启动munge服务并确保其正常运行。 接着，安装Slurm工作负载管理器（slurm-wlm）、Slurm守护进程（slurmd）和Slurm控制器（slurmctld）。这三个组件是Slurm的核心部分，分别负责作业调度、节点管理和整个系统的控制。 配置Slurm的关键在于编写slurm.conf文件，该文件定义了集群的拓扑、资源分配策略和默认参数。在/etc/slurm-llnl目录下创建或编辑这个文件，根据实际的硬件配置和需求进行调整。例如，定义节点名称、节点数量、节点上的核心数、内存大小以及网络配置等。 安装完成后，启动Slurm的服务： 1. 启动slurmctld（控制器）服务。 2. 启动slurmd（节点）服务。 至此，Autodock Vina和Slurm已经安装并配置完成，可以在Slurm调度系统上批量运行Autodock Vina进行分子对接任务，有效利用集群的计算资源，提高研究效率。

很不错的分子对接教程,形象易懂.....

这是我的学生编辑的，最好在linux下的openoffice下阅读。

利用python实现Autodock Vina多对多分子对接结果筛选并绘制热图

Autodock的使用说明，有英文版的，Autodock的各种应用以及中文版的

autodock-vina在autodock的基础上开发，实现了多线程任务模式，提高了运算速度，同时给大家提供了一个简单的官网教学视频供大家使用。

autodock vina软件，非常好用，计算起来也很方便!!!!!!

Autodock_source_temp:Autodock Suite 4.2.6的临时源代码（因为Scripps网站上的Autodock下载页面已关闭）

本软件为蛋白对接软件Windows版本，包含了AutoDock对接软件和Autodocktools对接视图软件。