基因组核糖体RNA预测，应用于真菌、细菌及线粒体，并统计rRNA类型，拷贝数，序列长度在基因组当中的占比，同时能够输出rRNA序列。

phyloFlash v3.4 由Harald Gruber-Vodicka，Elmar A. Pruesse和Brandon Seah撰写。 phyloFlash是快速重建SSU rRNA并探索Illumina（元）基因组或转录组数据集系统发育组成的管道。 注意版本3更改了一些输入选项，还更改了如何处理基于映射的分类单元（NTU）。 请下载旧版本的v2.0的最新版本（ ）。 没有对数据库设置进行任何更改，因此为v2.0准备的数据库仍可用于v3.0。 请阅读上phyloFlash。 快速开始 通过Conda下载 是一个程序包管理器，如果您还没有依赖关系，它还将安装所需的依赖关系。 phyloFlash通过Conda上的渠道进行分发。 根据，建议同时安装所有软件包，以避免依赖冲突，并创建新的环境而不是安装到基本环境。 # If you haven't set up Biocon

Tax4Fun2 正在不断开发中，将取代旧的 Tax4Fun (http://tax4fun.gobics.de/)。 新版本基于 275 个古细菌和 12102 个细菌基因组（RefSeq 中的完整或染色体状态）。 我没有包括 MAG 或非常不完整的基因组，但 Tax4Fun2 的重要特征之一是它能够合并用户数据（支持原核生物和真核生物）。 此外，我们添加了一个功能来计算（多）功能冗余指数。 我添加了一个示例，如何预测功能配置文件和功能冗余。 更多详情：https://www.biorxiv.org/content/early/2018/12/09/490037（请注意，这是预印本，还没有同行评审）。 您需要先在系统上安装 NCBI BLAST+，然后才能使用它。 对于某些功能，您需要安装 R 包 ape 和 seqinr。 我有任何问题或疑问，请与我联系（bwemheu@gwdg.de）。

基于16S_rRNA高通量测序的西藏农牧区牦牛酸奶菌群多样性